華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院教授李加琪/張哲團(tuán)隊(duì)聯(lián)合丹麥奧胡斯大學(xué)助理教授房靈昭、中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)教授丁向東等科研人員在豬大規(guī)模復(fù)雜性狀遺傳解析方面取得新進(jìn)展，他們成功構(gòu)建了豬大規(guī)模復(fù)雜性狀遺傳解析數(shù)據(jù)庫(kù)PigBiobank（http://pigbiobank.farmgtex.org/）。近日，相關(guān)成果發(fā)表于《核酸研究》。
精準(zhǔn)解析豬復(fù)雜性狀對(duì)了解動(dòng)物復(fù)雜性狀遺傳調(diào)控機(jī)制和提高豬群生產(chǎn)性能意義重大。然而，當(dāng)前以豬復(fù)雜性狀為核心的綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)匱乏，極大地限制了不同領(lǐng)域科學(xué)家對(duì)豬復(fù)雜性狀遺傳機(jī)制的深入探索。
為幫助更多領(lǐng)域科學(xué)家精準(zhǔn)解析豬復(fù)雜性狀，PigBiobank收集了來(lái)自全球71885頭豬的264個(gè)復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果、PigGTEx項(xiàng)目產(chǎn)生的豬34個(gè)組織5類分子數(shù)量基因座結(jié)果、Ensembl等多種來(lái)源的豬多組學(xué)數(shù)據(jù)以及UKBiobank等跨物種復(fù)雜性狀數(shù)據(jù)，并對(duì)這些大數(shù)據(jù)資源進(jìn)行統(tǒng)一的整合分析和可視化，進(jìn)而形成了以豬復(fù)雜性狀為核心的綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)PigBiobank。
據(jù)了解，當(dāng)前版本的PigBiobank數(shù)據(jù)庫(kù)中涵蓋了豬復(fù)雜性狀相關(guān)的豐富的數(shù)據(jù)，包括：豬264項(xiàng)全基因組關(guān)聯(lián)研究的1371288個(gè)顯著位點(diǎn)、豬34個(gè)組織5種分子表型的161680個(gè)全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析顯著位點(diǎn)、40978個(gè)孟德?tīng)栯S機(jī)化顯著關(guān)聯(lián)結(jié)果、30347個(gè)共定位分析顯著關(guān)聯(lián)結(jié)果，以及復(fù)雜性狀顯著位點(diǎn)的富集分析和基于統(tǒng)計(jì)量的遺傳參數(shù)等。
PigBiobank網(wǎng)站提供了包括性狀、基因、基因組變異和基因組區(qū)域在內(nèi)的4類查詢?nèi)肟诤陀脩粲押玫牟樵兘缑妫瑫r(shí)還提供PheWAS、Cross-Species comparison等在線分析工具。作為豬遺傳育種領(lǐng)域重要的公共資源和PigGTEx聯(lián)盟的重要工作之一，PigBiobank將得到持續(xù)的更新，為全球研究者持續(xù)提供豬復(fù)雜性狀相關(guān)的大數(shù)據(jù)支撐。
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